针对高速磁悬浮电机磁轴承的不平衡振动问题，分析了磁悬浮电机转子不平衡振动的周期性特性，建立了磁轴承不平衡力模型，提出了一种用于抑制高速磁悬浮电机磁轴承不平衡振动的插入式重复控制器，对闭环系统的稳定性、稳态性能和干扰抑制能力进行了分析，并进行了仿真和实验验证。在4kW磁轴承电机上进行的实验结果表明，该重复控制器有效地抑制了转子的不平衡振动，在10 kr/min的转速下，转子x，y向位移峰峰值分别减小了33%和37%，转频处转子x，y向位移振动峰值分别减小了42.1%和45.4%，有效提高了磁悬浮轴承的控制精度和稳定性。