针对多参考点复指数法虚假模态影响识别结果问题，提出了基于模态相似指数的虚假模态剔除方法。通过对系数矩阵施加不同的约束可以获得两组计算结果，两组计算结果中，同一物理极点会出现于同一位置，而虚假极点则随机分布。提出模态相似指数衡量两组结果中同一极点的相似程度，对每一结果计算模态相似指数，根据虚假模态相似指数远大于物理模态相似指数的特点剔除计算结果中由噪声、模型过估计等因素引起的虚假模态。利用改进多参考点复指数法对一个3自由度的线性时不变系统和重庆朝天门长江大桥模型进行辨识，实验结果表明，本研究方法可以在保留物理模态的前提下有效剔除计算结果中的虚假模态。